秦统一中国后,诸子百家依然“入则心非,出则巷议”,或盛赞旧制,或针贬时弊,因而与高度集权的政治体制产生了尖锐的矛盾。公元前213年,秦始皇采纳李斯建议,下令焚烧《秦记》以外所有的列国史记,对于属于博士官的私藏《诗》、《书》等,限期交出烧毁;有敢谈论《诗》、《书》者处死;以古非今者灭族。同时禁止私学,欲学法令者以吏为师。次年,卢生、侯生等方士、儒生有诽谤之言,为秦始皇求仙药的方士甚至相约逃亡,于是秦始皇将460名儒生、方士坑杀于咸阳,史称“焚书坑儒”。“焚书坑儒”是中国文化史上一次空前浩劫,春秋战国以来蓬勃自由的学术空气被窒息。
汉初,道家思想备受青睐,黄老无为之学盛行。然而,随着国势的增强,无为而治很快被儒家的相变有为所代替。时代呼唤一种适应中央集权的思想体系。正是在这种历史背景下,董仲舒的主张应运而生。董仲舒(前179-前104),广川(今河北景县)人。他的主张主要有两条,即“罢黜百家,独尊儒术”的文化政策和“一统于天子”的政治主张。他以此为基础吸收各家,特别是阴阳五行家的观点,发展了儒家学说,从此,儒家思想作为一个内部结构严密并不断完善的体系,在中国封建社会居于统治地位。
董仲舒提出了“天人合一”的学说。他认为天是支配自然和社会的最高主宰,是“百神之大君”、“群物之祖”,一切都是天决定的。皇帝是天子。五行相生与相克以及自然界的变化,都体现天的恩德和刑罚,所以人要顺天意。顺天意并不难,因为人是天造的,人内心就潜藏着天的道德品质,只要“修身省己”,就可顺天意,这叫“以人合天”。为论证封建等级制的合理性,董仲舒把人分为三品:圣人之性,不教能善;中民之性,能为善也能为恶;斗筲之性,难以为善,只能为恶。董仲舒把封建伦理关系固定化,以“三纲”(君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲)“五常”(仁、义、礼、智、信)作为基本道德观念,而“天不变,道亦不变”。人逆天,天则以水旱灾害警告,继则以日蚀地震谴责,终则以天刀雷击惩罚。人行善,可感动上天,可消灾解难,这就叫“天人感应”。董仲舒的学说符合大一统中央集权制的需要,除《乐》失传外,《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》被奉为至高无上的经典,称“五经”,成为封建意识形态的基本学说。
魏晋时期,社会动荡,人命危浅,儒者力图摆脱现实,遁世享乐,“玄学”应运而生。玄学家们崇尚“无”,“越名教而任自然”,关注现实世界以外的精神人格。郭象、嵇康、阮籍、王弼是玄学代表。玄学以高度抽象的义理思辨取代经学的繁琐考证,以清新隽逸的论证代替经学的拘泥守旧,标志着中国古代思辨哲学的成熟。站在玄学对立面的哲学家有王充、范缜。王充在《论衡》中,针对“贵无”说,提出世界的本质是物质性的“气”;范缜曾与佛教徒进行论战,著有《神灭论》,主张“形神相即”,“形有则神存,形谢则神灭。”